دپارتمان ریاضی : کارگروه برنامه ریزی و سنجش آموزشی متشکل از معلمین محترم درس ریاضی(حساب و هندسه) و معاون آموزشی متوسطه اول، با هدف ایجاد هماهنگی جلسات ماهانه‌ای را با حضور افتخاری اساتید مربوطه برگزار کرده و ضمن بررسی و ارزیابی وضعیت آموزش ریاضی در این مجموعه، ایجاد اصلاحات و تخصیص وقت و بودجه، فوق برنامه‌های آموزشی را نیز برای سال تحصیلی پیش رو تصویب و طراحی می‌کند.
دپارتمان علوم تجربی : در دبیرستان آیین درس علوم به چهار شاخه فیزیک، شیمی، زمین شناسی، زیست شناسی و آزمایشگاه تقسیم شده است که هرکدام مدرس جداگانه با برنامه‌های متناسب با آن درس دارد. این معلمان جهت هماهنگی در روند آموزشی، پیوند مطالب و ارزشیابی‌ها جلساتی را تحت عنوان کارگاه(دپارتمان) علوم تجربی برگزار می‌کنند تا علاوه بر موضوعات درسی در زمینه فوق برنامه‌های علمی مربوطه نیز تصمیم‌گیری و تقسیم کار انجام شود.
دپارتمان علوم قرآنی و دینی : کارگاه دینی- قرآن مدرسه متشکل از معلمان دروس قرآن و پیامهای آسمانی(دینی)، مربی پرورشی، امام جماعت(روحانی مدرسه) و معلمان راهنما که علاوه بر مسائل مربوط به دو درس رسمی مذکور، مسائل مربوط به نماز جماعت، تعظیم شعائر و سایر مسائل مذهبی و تربیتی دانش‌آموزان را بررسی و برای سال تحصیلی برنامه‌ریزی می‌کنند. این دپارتمان پیش از شروع سال تحصیلی 2 جلسه و در طی سال تحصیلی پیش از امتحانات و در آستانه مراسمات جلساتی را تحت عناوین مربوطه برگزار می‌کند.
دپارتمان ریاضی : دبیران محترم دروس ریاضی مانند حسابان، گسسته، هندسه و … جهت هماهنگی و هم‌افزایی دانش و اندیشه جلساتی را با نظارت مسئول آموزش برگزار می‌کنند. موضوع این جلسات اغلب به کیفیت آموزش، روشهای آموزش، تخصیص ساعات آموزش رسمی و فوق برنامه، ارزشیابی‌ها و آمادگی برای کنکور می‌باشد.
دپارتمان فیزیک و شیمی : همه ساله جلساتی را برای برنامه‌ریزی کلی آموزشی این دروس، ایجاد محتوا و ارزشیابی‌ها در مواقع مورد نیاز برگزار می‌کنند.
دپارتمان مشاوره : مشاوران و برنامه‌ریزان درسی متوسطه دوم در کنار معلمان راهنما و مدریت محترم مجموعه به صورت هفتگی جلساتی را برگزار می‌کنند و فرایند آموزشی را در متوسطه دوم بررسی و در صورت لزوم اصلاح یا تقویت می‌کنند.
کارشناسی در آمورشگاه به عنوان مشاور تحصیلی فعالیت می‌کند که اطلاعات لازم برای افزایش موفقیت تحصیلی را در اختیار دانش‌آموزان قرار می‌دهد.
مشاور تحصیلی در موارد زیر کمک کننده به دانش‌آموزان است :
یکی از ابزارهای آموزشی که مشاوران در اختیار دانش‌آموزان قرار می‌دهند دفتر برنامه‌ریزی است.
در دفتر برنامه ریزی اطلاعاتی همچون میزان مطالعه هر درس در هر روز و جمع مطالعه هر درس در هر هفته، میزان تست زنی، میزان فعالیت‌های فوق برنامة انجام شده، ساعات خواب، مشاهده تلویزیون و … ذکر می‌شود که با رصد آنها و نمرات کسب کرده می‌تواند راهکارهای مشاوره‌ای در اختیار دانش‌آموز قرار دهد. این دفتر برنامه‌ریزی در حکم یک یادداشت جامع برای برنامه‌ریزی بهتر و درس گرفتن از گذشته و تکرار نکردن اشتباهات روزهای گذشته است.